深悉國傳統“天下觀”的日本，在明治維新後全面西化。這種身份在清廷面前於是乎成瞭巨大的優勢：他們瞭解西方的近代外交理念的同時，又深悉清廷傳統“外交觀”的種種漏洞，及其與西方近代外交理念的種種沖突之處。如何利用這種優勢在清廷身獲利，成瞭明治政府維新之後工作的重之重。征韓論與奪取琉球，之所以在明治維新之後甚囂塵，便是日本人深知大清在這方面的漏洞。
在清廷，“置之化外，未便窮治”，是“天下觀體系”下的政治詞匯。日本人並非不知，但現實需要，他們故意將之放置到瞭近代“世界觀體系”下理解，於是成瞭：清廷承認臺灣東部番地無主。
此次交涉影響范圍不大，但也引發瞭朝廷之外的一些言論。這些言論，又恰恰是日本所需要的。譬如副島種臣來訪半月之後，受北滿州影響提前問世的《申報》，便刊載瞭署名為“嶺南蓮塘生”的一篇稿件，基本可以代表當時大多數下層士大夫們的普遍看法。“嶺南蓮塘生”說：“蓋臺灣一帶，雖系華之地，而臺灣府屬界，居海島邊境。至於生番，則又深居內地；雖統稱臺灣，實非臺灣府屬可管也。且生番蠻類，未曉人性，不入王化，非我朝百姓；與土何礙焉！”
其的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辭，正合日本人之心。但在“嶺南蓮塘生”的本意，卻並不涉及國傢疆域問題，所指均屬化層面。兩套彼此交叉、互相矛盾的“世界認知體系”及其衍生出來的不同的外交遊戲規則，被日本政府輕易地操縱於股掌之間，而清廷舉國朝野竟毫無察覺。
有瞭內外的一致鋪墊，日本政府緊急通過瞭《臺灣蕃地處分要略》，並不顧北海道的戰火剛剛熄滅，加急組織瞭侵臺軍，名曰：“臺灣生番探險隊”。《要略》的重點便為副島種臣使團所取得的“外交成果”：“臺灣土番部落,為清國政府政權所不及之地。其證據具見清國自來所刊行的書籍之,而當前任參議副島種臣使清之際清廷官吏所作答語,尤其顯然,故視之為無主之地,具備充分理由。是以報復殺害我藩屬琉球人民之罪,為日本帝國之義務,而征番之公理,亦可於此獲得主要根據。”
日本出兵臺灣在即，臺灣道在給閩浙總督的件裡卻將此事的權重放置在“剿辦彰化廖匪”一事之後，並稱：“牡丹社系屬番界，彼如自往剿辦，在我勢難禁止。”雖然擔心日本人勝利後會盤踞番社不走，但給出的處置建議仍是消極的“一切惟以鎮靜處之”。這自然正是日本人所希望的清廷的反應，臺灣地方官絲毫沒有意識到此事關乎國在臺灣東部番地的領土主權。
一切似乎都超乎想象的順利，但是當日軍討“番”統領西鄉從道將出兵臺灣的照會直送閩浙總督李鶴年處時，卻出乎意料地遭到瞭李鶴年的強硬反擊。此後李鶴年更是多次照會西鄉從道，其名言：“本部堂查臺灣全地，久隸我國版圖。雖其土著有生熟番之別，然同為食毛踐土已二百餘年。……查萬國公法雲：凡疆內植物、動物、居民，無論生斯土者、自外來者，按理皆當歸地方律法管轄。……據此各條，則臺灣為國疆土，生番定歸國隸屬，當以國律法管轄，不得任聽別國越俎代謀。茲日本國將照會，以臺灣生番戕殺遭風難民，奉命率兵深入番地，殛其兇首，以示懲戒。在生番迭逞悍暴，殺害無辜，即按以國之法律，亦所必誅，惟是臺灣全地素屬國，日本國政府並未與總理衙門商允作何辦理，逕行命將統兵前赴，既與萬國公法違背，又與先時所換和約內第一、第二兩條不合。”
李鶴年態度的突然強硬，是因為西方幾個看熱鬧的出聲瞭。最先是英國駐華大使威妥瑪致函總理衙門，告知清廷日本出兵臺灣一事，並在信詢問“生番居住之地，是否隸入國版圖”。稍後，英、法兩國使節以及總稅務司赫德也先後前往總理衙門，詢問臺灣生番所居之地是否國領土。尤其重要的是，英國通過駐華使節，將來自英國駐日大使阿禮國獲知的信息告知國：“內稱據東洋意見，臺灣島自某處迪南，皆不隸國版圖之內”。
威妥瑪強調，清廷對臺灣番地主權等認定，與英國針對此事的外交態度密切相關。如果國認為番地不屬於國版圖，則英國政府對英國民眾協助日本出兵臺灣不做任何限制。如果清廷認定臺灣屬於國版圖，則英國政府將明令禁止英國民眾參與日軍出兵臺灣一事。法、美各國所持意見，與英國大致相似。
正是因為有瞭這樣的變化，清廷正是明發諭，聲明：“生番地方，本系國轄境，豈容日本窺伺。”並派沈葆楨帶率領輪船軍隊，以巡閱為名，前往臺灣生番一帶察看，“不動聲色，相機籌辦”。李鶴年的強硬照會，與稍後的諭精神完全一致。英、法、美諸國也均照會清廷，表示對日本的行為不予支持。
但李鶴年顯然仍對領土主權為何物不甚瞭然，其稍後的一道奏章又回到瞭“天下觀”裡“番地不屬界內”的老調：“惟念邊釁易開不易弭，番地腹地，究有區分，如果倭兵擾入臺灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名，與生番復仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討，以免釁開自我。”
這種“番地”、“腹地”的區分，難免又被日本曲解成“番地無主”。故而，總理衙門再次發佈諭，嚴厲強調：“番地雖居荒服，究隸國版圖，其戕害日本難民，當聽國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境。若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體制更不可失。該督惟當按約理論，阻令回兵，以敦和好，不得以番地異於腹地，聽其肆意妄為也。”“天下觀”裡的“番地”、“腹地”概念必須服從於“世界觀”下的領土主權，這是清廷對臺灣是國領土的最清晰表述。
兩邊聲明走瞭一波，西鄉從道還是帶著他的探險隊出發瞭，不可釁自我開的清軍還是選擇瞭克制，居然讓西鄉從道在瑯嶠登瞭陸。已經完成瞭軍事改革的日軍，打一群隻是勇武的生番，自然是皇軍武運長久，牡丹社酋長阿實祿父子等一開戰便戰死沙場，讓日本人報瞭琉球難民之仇。然後日軍便開始瞭臭不要臉模式，以龜山為心建立都督府，準備賴在臺灣不走瞭。
清政府得知日軍侵犯臺灣消息後，立即向日本政府提出質問，並派福建船政大臣沉葆楨率軍直赴臺灣。沈葆楨等到達臺灣後，一面與日軍交涉，一面積極備戰，不過遲遲沒有開火。日軍由於不服臺灣水土，士兵病死較多，日本政府也知道不能立即軍事占領臺灣，不得不轉而尋求外交手段解決問題。
六月初夏生番出草，十月初九兩邊又在北京談瞭。日本派大久保利通為全權大臣，到北京與總理衙門談判。大久保利通此行帶瞭不少國際法專傢，準備用國際法與國辯論臺灣“番地”的主權問題。談判長達四十多天，日共舉行瞭五次會談，均是討論“番地”主權問題。大久保利通頻繁援引《萬國公法》，總理衙門諸大臣盡管在“番地”主權問題寸步不讓，但對《萬國公法》，卻自始至終采取回避態度。恭親王給大久保利通的照會說：“本王大臣未能詳悉泰西公法全書精義，不敢據以問難。”祥也在問答說道：“至大久保所說《萬國公法》，並無國在內，不能以此責備國。”
清廷以軟（談判）硬（備戰）兩手迫使日軍撤離臺灣，保全瞭臺灣領土主權，但仍是事件的大輸傢——日本內務卿大久保利通曾歡呼此事的瞭結：“嗚呼！此誠為古今所罕有，終生所無的大業！”因為清廷與日本簽訂瞭結此事的《北京專條》裡有這樣兩條不是人話的記載：其一、“茲以臺灣生番曾將日本國屬民等妄為加害,日本國本意為該番是問,遂遣兵往彼,向該生番等潔責。”——這等同於承認瞭之前被臺灣番民殺害的琉球民眾屬於日本，為日本吞並琉球留下瞭口實。其二、“日本國此次所辦，原為保民義舉起見，國不指以為不是。”——清廷隻求日本撤兵，餘概不問，是非之顛倒莫此為甚。而且日本人也像果興阿一樣，利用不得不的撤兵，訛詐瞭大清足足五十萬兩白銀。
“諸位，可以開始談判瞭嗎？”合約剛剛簽過字，大久保利通正滿心歡喜的準備回去慶祝的時候，一個懶洋洋的聲音從大堂門口傳瞭過來。
大久保利通不認識這個一身大清官服卻沒有辮子的傢夥，但是恭親王奕欣以下的所有大清官員都認識他，這個人正是北滿州駐北京公使欒玉。臺灣事件折騰瞭半年，北滿州一個字都沒有說過，現在他們突然冒出來，這個意思可有點深瞭。