默默的看瞭一場大熱鬧之後，清、法兩傢都有些失望，不過滿洲和大英帝國兩敗俱傷這麼一個結局，到是讓兩傢都很滿意。不管之前期盼過什麼，還是擔憂過什麼，現在都不存在瞭，兩傢往後還是自己玩自己的。
法國人見英國佬軍艦技術大幅度的超過瞭自己，當然是巴不得老對手倒黴，而且滿洲帝國也因損失慘重暫時不能參與清法戰事，法國佬還是很開心的。清軍一直擔心英法兩傢再次聯手，這次英國人崴瞭腳，大清可算是放瞭心瞭。可惜滿洲海軍以殘瞭一半，大清望眼欲穿的關外支援，也算是沒戲瞭。
外部因素都得好好喘口氣，舔舔自己的傷口，清法自然隻能秣馬再戰。清軍除瞭越南之外，幾乎沒有攻的空間，完全隻能守。越南已經是那副樣子，兩邊都拱不動瞭，東南沿海一帶機會到是不少，不過機會都是法國人的。法國人到是想攻，越南他們也拱不動，隻能在東南沿海一帶發力。但是法軍兵力有限，也不敢四處開戰，深入大清腹地，他們也知道自己會死的很難看。然後一個法軍關註已久的點，便出現在瞭所有人的眼中，那就是臺灣。
慈禧很聰明，早早便下令清軍撤守臺灣，想把臺灣這個累贅扔給滿洲，但是她也犯瞭所有人的通病高估瞭清軍的機動能力。朝廷是下令清軍撤退瞭，但是一大幫人馬幾萬人，哪裡是說撤便能撤得回來。所以法軍攻來的時候，清軍雖然做好瞭撤退的準備，但是臺灣的各地要沖，依舊是由他們來駐防。
“中丞大人，法夷大軍全師而來，我軍是否後尊朝廷諭旨後撤，暫避敵之鋒芒，而後由他地退回大陸，讓滿洲人和法夷糾纏去！”遠東艦隊司令孤拔，親自率領五艘戰艦、三千法軍，再度進攻雞籠，福寧鎮總兵曹志忠不知是該戰還是該和，隻能以退為進試探剛剛上任的福建巡撫兼欽差大臣劉銘傳的態度。
“臺灣之地已入藩鎮之手，然我軍所守者唯土乎？披堅執銳則當守境安民，今日若退，雖無棄土之罪，卻又棄民之情，我輩豈可為之！整軍備戰，守護桑梓鄉鄰！”劉銘傳不是完人，也有不少的毛病，但是讓他把臺灣同胞扔給法國人，殺瞭他也不行。
“謹遵大人教誨！”曹志忠也不是貪生怕死之輩，他要的就是上峰的一個態度。
法軍抵近雞籠之後，馬上便展開瞭猛烈炮轟。劉銘傳則招募臺灣中部民團北上馳援，並封鎖淡水河河口，打算阻止法軍船艦駛入河岸。兩日之後，臺灣兵備道劉璈也派遣林朝棟等率領中部鄉勇民團北上協助防守雞籠，阻止法軍登陸。劉璈還發佈瞭《全臺漁團章程》，下令將所有漁團收編為水上團練，用以調查法艦情勢並阻止漢人私通法軍的情形。劉璈的辦法是以防萬一，卻不知此刻全臺軍民都是一心迎敵，斷然沒有賣國求榮之徒。
法軍經過五日猛烈的炮擊，終於掃清瞭雞籠外圍清軍炮臺，占領瞭雞籠港口。可是隔日派遣陸戰隊攻入雞籠市街時，卻中瞭曹志忠的埋伏，損失慘重隻能敗退回艦。孤拔無奈，隻好率領艦隊回到馬祖。孤拔匯合瞭艦隊主力之後，再次返回雞籠，親自帶領五艘軍艦抵達雞籠外海，與已停泊在此的六艘法艦會合，然後派副司令李士卑斯率領四艘戰艦攻打滬尾，自己則與七艘戰艦攻打雞籠。
因為炮臺損毀嚴重，孤拔開始攻打雞籠的當天便占領瞭社寮島，隨後登陸雞籠港，城中居民與洋商大批逃離。第二天，曹志忠率領清軍與法軍展開巷戰，兩度擊退法軍，但法軍戰艦已摧毀附近所有炮臺，在艦炮抵近壓制下清軍傷亡慘重。最後劉銘傳決定放棄雞籠，於是下令雞籠清軍撤退至暖暖，與七堵的法軍相對峙。攻下雞籠後，法軍戰艦又開始全面炮轟滬尾，共發射瞭一兩千枚炮彈，但僅造成清軍十餘人傷亡。
三天後法國人找到瞭幫手，再度炮轟滬尾，並在英國領航員協助下引爆*，突破清軍的海上封鎖線。這個英國領航員便是赫德引水權問題留下的餘孽，大清雖然已經開始全面清理外籍領航員，但是並沒有做到立竿見影，臺灣便有不少餘孽留存。這個英國鬼子，便是想在下崗前發揮下餘熱，幫幫白人兄弟，也坑一把老東傢。
法軍成功靠岸後，隨即派遣八百陸戰隊發動登陸戰。由於劉銘傳未派兵支援，鎮守當地的漳州鎮總兵孫開華與章高元、劉朝孤等人隻能率領三千名孤軍埋伏各處，襲擊法軍部隊。戰鬥過程中清軍人數較多，指揮有序，戰技不輸法軍，因此戰鬥至下午一點時法軍已被困在凹地樹林中，死傷慘重，被迫撤退回艦，清軍成功守住滬尾。隔日，法軍降半旗為陣亡將士致哀，清軍則開始增援滬尾，當地駐守兵力達到六千人。三天後，法國戰艦主力開始駛向雞籠，登陸部隊則越過七堵，朝大稻埕逼近。
面對法軍的攻勢，清軍戰法非常靈活，並沒有一味死守，而是開始瞭戰術性反攻。曹志忠帶領一營兵一千餘人襲擊獅球嶺，試圖收復該戰略要地，但被法軍發現後，從山頂炮擊，並以機關槍掃射，清軍傷亡四十多人後被迫撤退。同時，法軍探查暖暖時遭遇清軍，在團練首領周玉謙等人堅守下，以及林朝棟、曹志忠支援下，法軍連攻三日均遭擊退。
劉銘傳親率嫡系銘軍向雞籠靠攏後，清軍開始打算包圍雞籠。不過法軍的非洲軍團也有兩千餘人抵達雞籠，開始朝暖暖推進，雙方決戰氣氛濃厚。然後便是擦槍走火，雙方爆發瞭鳥嘴峰之役。由於清軍迅速增援，法軍被迫於隔日撤退。孤拔與李士卑斯皆認為不應在臺灣發動陸戰，但法國政府為增加將來談判的籌碼，仍要求孤拔至少打贏一場勝仗，並占領雞籠礦山。中正十年七月，法軍外籍軍團約三千人抵達雞籠，法軍陸戰隊總兵力達到近一萬三千人左右，足以發動陸戰。
七月二十五日，法軍李偉林中校指揮十個中隊共四千六百名法軍四路進攻清軍防線，其中一路襲擊深澳坑後方，另外三路主力進攻清軍守備較弱的月眉山，於是第一次月眉山之役正式爆發。開戰之初，駐守月眉山的民團潰敗，法軍攻占山頂，但隔日張仁貴等人率軍反攻，而在深澳坑擊敗另一路法軍的曹志忠、林朝棟也趕來支援，雙方展開激烈的攻防戰。在曹志忠指揮下，清軍逐漸逼退法軍，奪回山頭，最後兩軍分別在山頂與山腳下建立碉堡。鞏固防禦後，曹志忠與林朝棟發動夜襲，雙方激戰至隔日清晨才撤軍，戰役方告結束。另一方面，清軍將領聶士成率領八百淮軍於八月一日趕到，而法軍終於攻占獅球嶺，清軍退守雞籠河南岸。隨後清軍多次增援，法軍則試圖攻占林朝棟鎮守的大武侖炮臺，但均未成功。
雙方休整半月，法軍又派出三千人襲擊清軍防線，月眉山的戰火再次燃起。法軍先攻陷深澳坑的防禦土墻，截斷劉朝枯防守的戲臺山，隨後有擊潰瞭蘇得勝派來的八百援軍，並包圍月眉山的曹志忠本部部隊，占領月眉山頂。曹志忠發動反擊，將法軍稍稍擊退，隔日攻打月眉山頂的法軍，但卻失敗，而鎮守鳥嘴峰的民團則於當日潰敗，法軍改由枕頭山、竹嵩山和龍潭堵三路圍攻曹志宗本部，另外派軍由鳥嘴峰深入深澳坑後方，依序擊潰蘇得勝、鎮守劉朝枯與曹志忠等部隊。戰至八月底，清軍僅剩鎮守大水窟的林朝棟、四角亭的蘇樹森未敗退，但因主力潰敗，兩軍隻好放棄陣地，掩護清軍主力撤退至基隆河南岸的暖暖、五堵。劉銘傳則親率八百銘軍馳援六堵，而法軍則因彈藥用盡，加上當晚大雨不停，溪水暴漲，故退至基隆河北岸。
雞籠戰事進展不順，法國政府停止瞭增援雞籠戰事，並命孤拔攻占澎湖。孤拔隻能率領遠東艦隊八艘戰艦進攻媽宮城，清軍將領梁景夫死守四角仔要塞，並以炮轟還擊，但法軍火力強大，至九月初，整座要塞幾乎被夷平，鎮守清軍死傷慘重、完全瓦解，法軍得以順利占領澎湖。
徹底占領瞭澎湖列島之後，法軍再次掉頭轉向臺灣。清軍已經沒有瞭大陸的支援，朝廷還屢屢降旨催促他們撤退，正是法軍攻占臺灣的好機會。然而這次法軍卻遇到瞭硬茬子，法艦剛一靠近臺灣，七艘掛著八星捧日旗的驅逐艦便攔在瞭他們的面前。在英國人的戰列艦面前，海狼級驅逐艦有些不夠看，可是收拾法國人木包鐵的落伍產品，他們還是很有富餘的。
“大清朝廷已向我滿洲帝國政府移交瞭臺灣全權，臺灣如今已為我滿洲帝國大將軍轄地，三日之內全部清軍將退回大陸。請貴軍立即停止對臺灣的一切攻擊行為，一切對八星捧日旗下之地的攻擊，都是對我滿洲帝國大將軍陛下的挑釁，請貴軍熟思之！若是我滿洲軍介入戰爭，法國的國旗將之亞洲境內徹底消失！”滿洲軍派出瞭使者，不但說明瞭情況，而且發出瞭吃果果的威脅。
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